Seandainya ditelusuri sejarah pendidikan negara pada dekad awal penjajahan British, kebanyakan masyarakat Islam mendapatkan pendidikan secara tidak formal di madrasah-madrasah yang ditubuhkan oleh ulama-ulama terkenal ketika itu. Fenomena ini sememangnya sudah lama diterima oleh masyarakat di Semenanjung Malaysia semenjak Syiar Islam mula bertapak di rantau ini.
Bagi memenuhi tuntutan agama agar setiap umatnya menuntut ilmu maka lahirlah Sekolah Menengah Ugama (Arab) Nurul Huda, Bukit Yong 1940, selepas mendapat kelulusan daripada Jabatan Agama Islam Negeri Kelantan (MAIK) pada 12 mei tahun yang sama, Pelajaran-pelajaran yang diajar di Sekolah Menengah Ugama (Arab) Nurul Huda, Bukit Yong ialah pelajaran-pelajaran agama seperti tauhid, fiqh, hadis, nahu, saraf dan lain-lain.
Menjelang tahun 1956, tanpa pertambahan prasarana dan jumlah pelajar yang ramai, madrasah ini mula mengubah kurikulum mengikut kehendak sistem pendidikan yang diamalkan oleh sekolah-sekolah Arab negeri Kelantan. Bermula dengan perubahan kurikulum itulah, pada tahun Sekolah Menengah Ugama (Arab) Nurul Huda, Bukit Yong 1969 dengan rasminya didaftarkan sebagai Sekolah Menengah Agama negeri Kelantan di Jabatan Agama Kelantan. Madrasah ini didaftarkan di bawah Yayaysan Islam Kelantan (YIK) untuk mengiktiraf kewujudannya sebagai institusi pendidikan yang sah.
Walaupun demikian sehingga tahun 1985, pengurusan dan pentadbiran Sekolah Menengah Ugama (Arab) Nurul Huda, Bukit Yong ini masih di tahap yang lama. Keadaan ini sebenarnya memberikan satu impak yang sangat berkesan dalam menentukan arah dan masa depan Sekolah Menengah Ugama (Arab) Nurul Huda, Bukit Yong.
Sesungguhnya sebagai sebuah sekolah agama yang sangat dikagumi dan dihormati pada suatu ketika dahulu (khususnya dalam tahun 1950an), kesinambungan peranan madrasah ini dalam pendidikan Islam di tanah air memerlukan suatu jalan penyelesaian yang sangat teliti.
